Disciplinas

Pós graduação

Alinhamento de Sequências

LNCC

Ementa: Alinhamento de sequências global, local e semiglobal. Métodos exatos e aproximados para Alinhamento entre duas sequências. Alinhamento de múltiplas sequências. Alinhamento de sequências curtas em sequências longas de referência.

 

Pré-Requisito: Não há pré-requisito, mas é recomendado ter noções de algoritmos.

 

Referências:

 

  1. Verli, Hugo. Bioinformática da biologia à flexibilidade molecular. Porto Alegre, 2014.
  2. Mount, David. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Second Edition. Tucson, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004.
  3. Koonin, Eugene V., Galperin, Michael. Sequence — Evolution — Function: Computational Approaches in Comparative Genomics. Kluwer Academic Publishers, 2003.
  4. Haubold, Bernhard, Wiehe, Thomas. Introduction to Computational Biology: An Evolutionary Approach. Birkhäuser, 2006
  5. Korf, Ian and Yandell, Mark and Bedell, Joseph. Blast. O’Reilly, 2003.
  6. Higgins D. G., Sharp P. M. CLUSTAL: a package for performing multiple sequence alignment on a microcomputer. Gene, 73, 237–244 (1988).
  7. Larkin M. A., et al. Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioinformatics (Oxford, England), 23(21):2947-8 (2007).
  8. Burrows M., Wheeler D.J. A Block Sorting Lossless Data Compression Algorithm. Technical Report 124. Palo Alto, CA: Digital EquipmentCorporation, 1994.

Langmead, Ben and Trapnell, Cole and Pop, Mihai and Salzberg, Steven L. Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome. Genome Biology, 10:R25 (2009).

  • GB-500
  • Curso

    Modelagem Computacional
  • Período

    28 a 30 de janeiro de 2019
  • Créditos

    01
  • Carga horária

    15 h
  • Professores

    Fabio Ribeiro Cerqueira
  • Número de alunos

    20
  • Local das aulas

    LNCC
  • Programa

    Download do programa

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