Disciplinas

Pós graduação

Reconstrução, Modelagem e Análise de Redes Metabólicas

LNCC

Ementa: A reconstrução de redes metabólicas a partir do genoma de um organismo de interesse pode ser realizado de forma semi-automática, consistindo em uma primeira etapa automática gerando um rascunho da rede que, na segunda etapa, será refinado manualmente. A última etapa é laboriosa demandando tempo e conhecimento bioquímico e fisiológico do organismo de interesse para verificar as reções químicas que foram incluídas na rede na etapa automática, para completar as lacunas nas vias metabólicas e para incluir os genes metabólicos identificados no genoma cuja funcionalidade ainda não conste na reconstrução. A rede metabólica pode ser modelada de diferentes formas, por exemplo grafo e matriz estequiométrica, e estas, por consequência, permitem diferentes análises do metabolismo, topológicas e de fluxo. Neste curso abordaremos a reconstrução, a modelagem e algumas análises de redes metabólicas.

 

Pré-Requisitos: Conhecimento em biologia molecular, GB-203 – Introdução a bioinformática e biologia computacional e GB-500 – Alinhamento de Sequências.

Referências:

  1. Palsson B. (2006) Systems Biology: Properties of Reconstructed Networks. Cambridge University Press.
  2. Thiele, I. et Palsson, B. O. (2010). A protocol for generating a high-quality genome-scale metabolic reconstruction. Nature protocols, 5(1):93–121.
  3. Klein, C., Marino, A., Sagot, M.-F., Vieira Milreu, P. et Brilli, M. (2012). Structural and dynamical analysis of biological networks. Briefings in Functional Genomics, 11(6):420– 433.
  4. Lacroix, V., Cottret, L., Thébault, P. et Sagot, M.-F. (2008). An introduction to metabolic networks and their structural analysis. IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinforede metaboólicaatics / IEEE, ACM, 5(4):594–617.
  • GB-207
  • Curso

    Modelagem Computacional
  • Período

    11 a 13 de fevereiro de 2019
  • Créditos

    01
  • Carga horária

    15h
  • Professores

    Pablo Ramos
  • Número de alunos

    20
  • Local das aulas

    LNCC
  • Programa

    Download do programa

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