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História

Conheça a história que nos levou até aqui
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Antes de 2000

No final da década dos anos 80, quando o acesso ao banco de dados GENBANK era feito através de uma assinatura mensal e remetido pelo correio, o Prof. Darcy Fontoura de Almeida, do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho IBCCF/UFRJ, foi ao LNCC sugerir a abertura de uma linha de pesquisa dedicada à biologia computacional e procurar parceiros interessados em estudar uma nova disciplina.

Ao contrário da maioria dos grupos então interessados em estudar os genes estruturais, cujas alterações podem produzir doenças genéticas, com a óbvia intenção de desenvolver a terapia gênica, o tema proposto por ele foi a investigação da região não-codificadora do DNA, conhecida como “junk DNA” (“DNA-lixo” ou “DNA-tralha”, como bem sugere Sérgio D. Pena). A proposta foi acolhida pelos diretores Antônio Olinto, Marco Antônio Raupp e Luiz Martins (já falecido).

O objetivo era reconhecer as regras básicas da organização de sequências significativas para a fisiologia celular, com interesse particular em regulação funcional. Por isso, era importante identificar, naquele tipo de DNA, regiões contrastantes, com conteúdo informacional. Usando metodologias matemáticas e computacionais passamos, então, a estudar organismos procariotos, não só pelo seu interesse biológico como pela sua maior simplicidade (tanto em número de nucleotídeos quanto em organização estrutural). Através desses estudos, durante a década dos anos 90, foram elaboradas teses de mestrado e doutorado, artigos foram publicados em periódicos e apresentados em congressos nacionais e internacionais e alguns projetos em bioinformática foram aprovados pela FINEP e pelo CNPq. Um fato importante foi a publicação dos dados do Genoma Humano em 2001, que produziu uma onda de interesse pelo “DNA-tralha”.

Ao revelar que este representa mais de 90% do genoma, permitiu que se cogitasse ser ele também o local onde estariam sediados mecanismos funcionalmente relevantes para a célula. O caminho que vínhamos seguindo até então se demonstrava correto, fato extremamente importante na determinação da próxima  etapa do desenvolvimento do LABINFO.

Depois de 2000

Ciente da importância desta nova área, o LNCC passou a ter como uma de suas metas institucionais a consolidação do LABINFO como laboratório de referência em Bioinformática, em nível nacional. A partir de 2000, o LABINFO passou a receber apoio induzido do Programa de Biotecnologia e Recursos Genéticos do MCT, com o intuito de consolidar-se definitivamente nesta área. Este apoio tem permitido a modernização e reestruturação do seu parque computacional, assim como a possibilidade de obtenção de bolsas de pesquisa para esta área. O LABINFO passou então a ser definido como um grupo de pesquisa interdisciplinar, envolvendo biólogos, cientistas da computação e matemáticos, dedicados ao desenvolvimento de metodologias computacionais e estatísticas aplicadas à área de Bioinformática e Biologia Computacional.

Linha do tempo



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2017

  • Sequenciadas 73 amostras entre genomas, transcritomas, metagenomas e amplicons. Analisadas pelo Labinfo 192 amostras entre genomas, transcritomas, metagenomas e amplicons. Destaca-se o sequenciamento de exomas de pacientes infectados por zika virus e portadores de imunodeficiência primária (PIDD), transcritoma e small RNA de diferentes tipos celulares infectadas com zika virus.
  • Adquiriu-se a plataforma Illumina NextSeq 500, o que permitiu o sequenciamento dos exomas, transcritomas e pequenos RNAs.
  • Atua como membro de ZIKAlliance “A Global Alliance For Zika Virus Control And Prevention”.
  • Coordena a Estruturação da Rede Nacional de Bioinformática em colaboração com a UFMG e LNBio.
  • Atua como membro Associado da Rede Gabriel da Foundation Merieux- France.
  • Coordena a Rede Avançada em Biologia Computacional (RABICÓ) em colaboração com a UFRGS e a UFRJ.
  • Publica 14 artigos científicos entre estes os genomas nas populações do Novo Mundo do parasita da malária humana Plasmodium vivax.
  • É defendida uma dissertação de mestrado e são iniciadas 03 supervisões de pós doutorado.
  • Organiza o curso CBAB/CABBIO “Ferramentas de Bioinformática para Análise de Dados de RNA-seq”.

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2016

  • Sequenciadas 39 amostras entre genomas, transcritomas, metagenomas e amplicons. Analisadas pelo Labinfo 54 amostras entre genomas, transcritomas, metagenomas e amplicons. Destaca-se o sequenciamento de genomas de dois zika virus e metiloma de Metarhizium spp.
  • Atua como membro de ZIKAlliance “A Global Alliance For Zika Virus Control And Prevention”.
  • Coordena a Estruturação da Rede Nacional de Bioinformática em colaboração com a UFMG e LNBio.
  • Atua como membro Associado da Rede Gabriel da Foundation Merieux- France.
  • Coordena a Rede Avançada em Biologia Computacional (RABICÓ) em colaboração com a UFRGS e a UFRJ.
  • Participa como membro editoral do volume especial da BMC Genomics correspondente à: “Sixth International Conference of the Iberoamerican Society for Bioinformatics on Bioinformatics and Computational Biology for Innovative Genomics”.
  • Publica 22 artigos científicos entre estes a análise de amostras de pacientes infectados com o virus de Zika. Também destacam-se alguns dados de transcriptomas de bactérias de importância clinica no Brasil.
  • São defendidas 01 dissertação de mestrado e 03 teses de doutorado.
  • Organiza o curso CBAB/CABBIO “Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências de RNA-seq”.

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2015

  • Sequenciadas 39 amostras entre genomas, transcritomas, metagenomas e amplicons. Analisadas pelo Labinfo 58 amostras entre genomas, transcritomas, metagenomas e amplicons. Destaca-se o sequenciamento de genomas bacterianos de membros do gênero Psedomonas e Acinetobacter.
  • Coordena a Estruturação da Rede Nacional de Bioinformática em colaboração com a UFMG e LNBio.
  • Atua como membro Associado da Rede Gabriel da Foundation Merieux- France.
  • Coordena a Rede Avançada em Biologia Computacional (RABICÓ) em colaboração com a UFRGS e a UFRJ.
  • Publica 18 artigos científicos entre estes alguns genomas de bactérias e parasitas humanos de importância para o Brasil.
  • São defendidas 02 dissertações de mestrado e 02 teses de doutorado.
  • Organiza o curso CBAB/CABBIO “Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências de RNA-seq”.

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2014

  • Sequenciadas 97 amostras entre genomas, transcritomas, metagenomas e amplicons. Analisadas pelo Labinfo 48 amostras entre genomas, transcritomas, metagenomas e amplicons. Destaca-se o sequenciamento de metagenomas de aspirado nasofaríngeo humano; transcritomas bacterianos e genomas de algumas espécies de ostras.
  • Coordena a Estruturação da Rede Nacional de Bioinformática em colaboração com a UFMG e LNBio.
  • Coordena a Rede Avançada em Biologia Computacional (RABICÓ) em colaboração com a UFRGS e a UFRJ.
  • Passa a ser Membro Associado da Rede Gabriel da Foundation Merieux- France.
  • Publica 16 artigos científicos entre estes alguns genomas de fungos e parasitas de importância para o Brasil.
  • São defendidas 04 dissertações de mestrado.
  • Organiza o curso CBAB/CABBIO “Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Sequências Transcriptômicas”.

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2013

  • São sequenciadas 70 amostras entre genomas, transcriptomas, metagenomas, amplicons na UGCDFA. Analisadas pelo Labinfo 45 amostras entre genomas, transcritomas, metagenomas e amplicons. Destaque para o sequenciamento de vários genomas bacterianos: estirpes de Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Actinobacillus pleuropneumoniae, e também genomas de protozoários: cepas de Trypanosoma cruzi e isolados de Plasmodium vivax.
  • Iniciou projeto em colaboração com a Universidade de Málaga por meio do programa Ciência sem Fronteira: “Research, Infrastructure and Training in High Performance and Cloud Computing applied to Next Generation Sequencing and Metagenomics data analysis [ R I T A ] “
  • Inicia projeto pelo programa CAPES/COFECUB: “Abordagem multidisciplinar no estudo da biodiversidade, interação e metabolismo bacteriano em suínos”, com a Universidade de Lyon 1 (France)
  • Publica 15 artigos científicos entre estes o genoma do mosquito transmissor da Malária no continente Sul Americano, o Anopheles darlingi.
  • Aquisição da plataforma de sequenciamento Ion Proton (Life Technologies) instalada no Laboratório de Biologia Molecular Júlio Cascardo.
  • Coordena a criação da Brazilian Network for Microbiology envolvendo várias instituições e hospitais do Brasil (UNIFESP, Hospital das Clínicas – USP, Universidade de Taubaté, Hospital de Clínicas UFRGS, Fundação Santa Casa de Misericórdia do Pará/UFPA/UEPA , Hospital de Base do Distrito Federal, Instituto Evandro Chaga, Hospital Santa Lucia – DF, Hospital Israelita Albert Einstein – SP, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Hospital Monsenhor Walfredo Gurgel/Natal), financiada pelo Institute Merieux.
  • Inicia projeto de cooperação bilaterial FAPERJ/CONICET: “Prospecção e priorização de alvos moleculares para o desenho de novos fármacos contra Klebsiella pneumoniae e Mycobacterium tuberculosis utilizando técnicas de bioinformática” com a Universidade de Buenos Aires, Argentina.
  • Duas teses de doutorado (uma pela UFRJ e uma pela Universidade de Lyon 1, França) foram defendidas.
  • Organiza o curso Aplicações Biomédicas em Plataformas Computacionais de Alto Desempenho em Placas GPUs.
  • Organiza o curso CBAB/CABBIO “Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências Transcriptômicas”.

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2012

  • SeSequenciadas 38 amostras entre genomas, transcritomas, metagenomas, amplicons e exomas, na UGCDFA. Analisadas pelo Labinfo 30 amostras entre genomas, transcritomas, metagenomas e amplicons. Destaque para o sequenciamento de vários transcritomas, dentre eles: Mycoplasma hyopneumoniae, M. flocullare, M. hyorhinis, linhagens celulares humanas, trigo, papagaio e cultivares de seringueira.
  • Aquisição da plataforma de sequenciamento Ion Torrent PGM (Life Technologies), a qual foi instalada no Laboratório de Biologia Molecular Júlio Cascardo.
  • Coordena o LIA – Laboratório Internacional Associado -Título do projeto: Laboratório InteRnacional de pesquisa em bIOinformática – LIRIO, em colaboração com o CNRS/INRIA/Universidade de Lyon – França.
  • Inicia projeto em colaboração com a Foundation Merieux (França) com o projeto Análise da biodiversidade viral e bacteriana na co-circulação com o vírus da gripe no Estado do Rio de Janeiro.
  • Inicia projeto na área de Bioinformática aplicada ao sequenciamento usando tecnologia de pirosequenciamento e de semicondutores: desenvolvimento de novas ferramentas utilizando computação paralela e distribuída.
  • Publica vários artigos entre estes vários relacionados a metagenômica. O Software SABIA passa a analisar este tipo de dados.
  • São defendidas 03 dissertações de mestrado.
  • Organiza o curso CBAB/CABBIO “Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências Transcriptômicas e Metagenômicas”.

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2011

  • Sequenciadas 47 amostras entre genomas, transcritomas, metagenomas, amplicons e exomas na UGCDFA. Analisadas pelo Labinfo 48 amostras entre genomas, transcritomas, metagenomas e amplicons. Destaca-se o sequenciamento de metagenomas de diversas origens, tais como: solos, águas, manguezais, corais, microbiota bucal.
  • Inicia projeto em colaboração com o Instituto Técnico de Lisboa com o projeto: TAGS: The power of the short – tools and algorithms for Next Generation Sequencing Applications.
  • Inicia projeto com a Universidade de Lyon I, com o projeto de Cooperação Bilateral FAPERJ/INRIA através do projeto Bioinformática aplicada a reconstruções e análises metabólicas de parasitas.
  • Três dissertações de mestrado e 1 Tese de doutorado (pela UFRJ) foram defendidas.
  • Organiza o curso CBAB/CABBIO “Ferramentas de Bioinformática Aplicadas à Análise de Sequências Genômicas, Metagenômicas e Transcriptômicas”.
  • Publica vários artigos científicos, entre eles, a publicação da Base de dados de Laminina – LaminDataBase, em colaboração com a FIOCRUZ/RJ.

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2010

  • Sequenciadas 29 amostras entre genomas, transcritomas, metagenomas, amplicons, exomas e surfaceomas, na UGCDFA. Analisadas pelo Labinfo 30 amostras entre genomas, transcritomas, metagenomas e amplicons. Destaca-se o sequenciamento de diversas amostras de exoma e transcritoma de tecido tumoral, metastático e normal de pacientes portadores de câncer de intestino.
  • Foi criado o Laboratório de Biologia Molecular Júlio Cascardo onde foi alocado o sequenciador capilar ABI 3130, da Life Technologies.
  • Coordena o projeto para a prospecção de enzimas com potencial aplicação na produção de etanol de segunda geração: o caramujo africano e microorganismos associados a manguezais do Estado do Rio de Janeiro.
  • Colabora com o projeto para identificação de estratégias inovadoras visando o incremento na eficiência do processo de fixação biológica de nitrogênio com leguminosas de grãos e oleaginosas: da genômica estrutural e funcional ao desenvolvimento de novos inoculantes.
  • Colabora no projeto Genômica Comparativa entre variantes de Staphylococcus aureus Resistentes à Meticilina, pertencentes à linhagem ST239, importante patógeno de pneumonias hospitalares.
  • Colabora com o projeto pós-genoma de fungos patogênicos humanos visando o desenvolvimento de novas drogas antifúngicas.
  • Publica vários artigos científicos, dentre esses, o artigo intitulado: “Systematic detection of putative tumor suppressor genes through the combined use of exome and transcriptome sequencing”, como parte da Rede Brasileira de Câncer.
  • Início do curso de doutorado no Programa de Pós-graduação em Modelagem Computacional na linha pesquisa em Bioinformática e Biologia Computacional.
  • Seis dissertações de mestrado e 1 tese de doutorado (pela UFRJ) foram defendidas.
  • Organiza o curso CBAB/CABBIO “Análise metagenômica com o uso das plataformas de segunda geração de sequenciamento de DNA”.

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2009

  • Sequencia os primeiros genomas: Metarhizium anisopliae, Bradyrhizobium japonicum SEMIA 507 e tripanossomatídeos, na Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida. Foi sequenciado um total de 32 amostras (genomas e exomas).
  • Colabora com os projetos Transcriptoma e Proteoma do processo infeccioso por Paracoccidioides brasiliensis e Cryptococcus gattii: Modelos in vitro, in vivo e ex vivo, um estudo comparativo, em colaboração com a UFG.
  • Coordena o projeto Genômica Computacional: geração, processamento e interpretação de dados genômicos com dados de sequenciamento de segunda geração.
  • Organiza o IV Workshop Comparative Microbial Genomics and Taxonomy no LNCC, em Petrópolis, RJ.
  • Publica 7 artigos científicos, entres esses, a publicação da Base de dados CT-Database que passa a ser altamente acessado.

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2008

  • É criada a Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA) com a aquisição da plataforma de sequenciamento 454 da Roche, com apoio financeiro do Ministério da Saúde e da Ciência, Tecnologia e Inovação.
  • Inicia o projeto Genômica Computacional e o sequenciamento Parcial do Genoma de Trypanosoma cruzi em colaboração com a UFMG, UFSC, Fiocruz, entre outras instituições.
  • Passa a coordenar a Rede Sul Americana e Iberoamericana de Bioinformática (Red SurAmericana e Iberoamericana de Bioinformatica).
  • Participa da criação da Rede Brasileira de Pesquisas sobre o Câncer – RBPC que envolve várias instituições do Brasil e do exterior.
  • São defendidas 04 dissertações de mestrado.
  • Organiza o First Workshop “Proteomics in the new world”, no LNCC, em Petrópolis, RJ.
  • Organiza o III Workshop Comparative Microbial Genomics and Taxonomy no LNCC, em Petrópolis, RJ
  • Publica 10 artigos científicos consolidando a cooperação internacional, sendo várias destas publicações em colaboração com Cuba e México.

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2007

  • São defendidas as cinco primeiras dissertações de mestrado com ênfase em Bioinformática, pelo programa de Pós-Graduação em Modelagem Computacional do LNCC.
  • Editora o suplemento especial “Mycoplasma Compartive Genomics” da revista Genetics and Molecular Biology.
  • É designado oficialmente como membro do UNIProt – Universal Protein Resource
  • Organiza o segundo workshop Comparative Microbial Genomics & Taxonomy (CMGT2007), no LNCC.
  • O LABINFO passa a ter um grupo de pesquisa consolidado com cerca de 30 pesquisadores, pos-doutores, analistas de Sistemas e alunos de doutorado, mestrado e iniciação científica.
  • Publica 7 artigos em revistas indexadas, dentre vários outros, em colaboração com instituições nacionais e internacionais.

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2006

  • Início do projeto em colaboração com o Ludwig Institute for Cancer Research para criação do banco de dados de Cancer Testis (CT Database).
  • Organiza o “Theoretical and Practical Course in Bioinformatics applied to Proteomics”, em colaboração com o ICGEB, no LNCC (80 horas/aula)
  • Organiza o congresso internacional “Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), em Fortaleza, CE.
  • Participa da organização e do comitê de programa do segundo X-meeting, Fortaleza, CE.
  • Organiza o 20th years of Swiss-Prot, Fortaleza, CE.
  • Início do projeto “Genômica funcional, estrutural e comparada de feijão Caupi (Vigna unguiculata)”, sob a responsabilidade da Dra. Ana Benko.
  • Organiza o workshop “Comparative Microbial Genomics & Taxonomy”, (CMGT2006), no LNCC.
  • Início do projeto “Genoma do Anopheles darlingi”, pela rede Genoma Brasileiro
  • Organiza o GDEST – Bioinformatics Conference – Global Dialogs on Emerging Science and Technology, no LNCC.
  • O LABINFO conta com 42 pessoas no seu corpo técnico-científico.

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2005

  • Cria e hospeda a Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C).
  • É publicado os genomas das mycoplasmas no Journal of Bacteriology.
  • Início do Curso de Mestrado em “Modelagem Computacional, com ênfase em Bioinformática e Biologia Computacional” em colaboração com o Departamento de Genética, da UFRJ.
  • Aprovado pelo CNPq o Projeto de Apoio especializado para projetos multi-tarefas do LABINFO, o que permitiu que várias bolsas DTI fossem implementadas.
  • Início do projeto GIGA “Organização Virtual” em colaboração com o Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS).
  • Início do projeto sobre “Microrganismos magnetotácticos: ferramentas biotecnológicas para produção de materiais nanomagnéticos estruturados e suas aplicações”, em colaboração com várias instituições nacionais.
  • Organiza o 11th International Workshop on Virus Evolution and Molecular Epidemiology, no LNCC, em Petrópolis, RJ.
  • Participa da organização e do comitê de programa do primeiro congresso da AB3C (X-meeting), em Caxambu, MG.
  • O LABINFO conta com 30 pessoas no seu corpo técnico-científico.

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2004

  • Publica o programa SABIA no periódico científico Bioinformatics (doi:10.1093/bioinformatics/bth273) e começa a distribuir as licenças de uso.
  • Inicia projeto de colaboração com o Institut  Suisse de Bioinformatique (ISB) no contexto do banco de dados Swiss-Prot.
  • Organiza o curso de “Bioinformática para projetos genomas”, no LNCC (120 horas/aula).
  • Organiza  o curso de “Bioinformática para Proteomas”, no LNCC (80 horas/aula).
  • Início dos projetos genomas de bactérias fixadoras de nitrogênio, em colaboração com a Dra. Mariângela Hungria, da Embrapa Soja.
  • Início do projeto de re-anotação das bactérias fitopatogênicas: Xylella. fastidiosa estirpe 9a5c causadora da clorose variegada dos citros (CVC) e X. fastidiosa estirpe Temecula1, causadora da doença de Pierce (PD) e, montagem e anotação das estirpes Ann1 e Dixon de X. fastidiosa isoladas da planta espirradeira (oleander) e da amendoeira, em colaboração com a Dra Marie-Anne von Sluys, da USP.
  • Início do projeto “Genoma Funcional de Chromobacterium violaceum, Mycoplasma synoviae e M. hyopneumoniae”, com as redes Genoma Brasileiro  e Genoma Sul.
  • Participa da organização e do comitê de programa da Second International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. Angra dos Reis, RJ.
  • Inicia colaboração com o Dr. Jonas de Almeida, do Laboratório de Bioinformática da Universidade da Carolina do Sul/MDAnderson Cancer Center da Universidade Texas, na área de biologia de sistemas.
  • Edição do número especial da revista Genetics and Molecular Research com os dados do genoma da Chromobacterium violaceum.

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2003

  • Organiza o terceiro Curso de Especialização em Bioinformática no LNCC (360 horas/aula).
  • O genoma da bactéria Chromobacterium violaceum é publicado no periódico científico PNAS (Proc Natl Acad Sci U S A. 2003 Sep 30;100(20):11660-5).
  • Início do projeto de cooperação Brasil-Cuba na área de sistemas bacterianos de regulação.
  • Organiza o “Bioinformatics Course” em cooperação com o International Center for Genetics for Engineering and Biotechnology (ICGEB, Trieste).
  • Participa do comitê de programa do 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology.
  • Participa do comitê de programa do II Workshop Brasileiro de Bioinformática.

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2002

  • Início do projeto “Genoma de Mycoplasma synoviae”, pela Rede BRGENE.
  • Início do projeto “Rede Sul de análise de genomas e biologia estrutural – Programa de Investigação de Genomas Sul (PIGS), em colaboração com o Dr. Arnaldo Zaha, da UFRGS, que tem como objetivo  sequenciar duas estirpes da bactéria Mycoplasma hyopneumoniae, J e 7448, [patogênica e não-patogênica, respectivamente].
  • A coordenação geral da Rede Genoma Brasileira passa a ser de Ana Tereza Vasconcelos.
  • Organiza o primeiro e o segundo Curso de Especialização em Bioinformática no LNCC (360 horas/aula).
  • Organiza o “Curso de Bioinformática para docentes da UNESP”, em SP.
  • Participa do comitê de programa do I Workshop Brasileiro de Bioinformática.

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2001

  • Recebe o apoio induzido do MCT para atuar em nível nacional na área de Bioinformática e Biologia Computacional.
  • Organiza a Segunda Escola de Verão sobre “Métodos Computacionais em Biologia”, LNCC/UFRJ.
  • No dia 26 de janeiro recebe e processa as primeiras sequências do genoma da Chromobacterium violaceum.
  • O programa SABIA começa a ser desenvolvido pelos analistas de sistemas Luiz Gonzaga Paula de Almeida, Rangel de Souza e Roger Paixão.
  • Participa de vários cursos de formação de recursos humanos para a rede Genoma Brasileiro.

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